孙承宗，字稚绳，相貌奇伟，胡须张开像戟一样，声音浑厚。孙承宗曾先后在大理寺右丞姜壁和兵备道房守士等朝廷官员的家中，做家庭教师.后来，因房守士升任大同巡抚，孙承宗随行。大同是当时明朝的边城重镇，承宗边境教书时，对军事有着浓厚兴趣。喜欢和边关老兵和低级军官交谈，询问一些关于边关防务的问题，慢慢的对边关的军务有所了解。万历三十二年，孙承宗中进士第二名，授翰林院编修，而后转拜中允。
张差手执木棍，闯进太子住的慈庆宫，打伤守门太监，被抓住后自称是受郑贵妃指使，朝中大臣怀疑是郑贵妃想谋害太子，但明神宗与太子都不愿深究，以疯癫奸徒罪将张差处死。大学士吴道南询问孙承宗这事该怎么处理，孙承宗说：“这件事关系到东宫，不能放任不理，但是又涉及到后宫，不能追查的太彻底。庞保、刘成以下的小人物要追查到底，庞保、刘成上面的人物牵扯太多，应当适可而止。”吴道南于是按孙承宗所说的去做，将此事平息了下来。
万历四十五年，孙承宗主持应天乡试，因为试题上写了孙承宗的语录，而遭到党人的忌恨，党人试图利用官员每三年一次的考核将孙承宗逐出京师，学士刘一燝力保孙承宗，孙承宗得以相安无事。万历四十八年，明熹宗朱由校即位，孙承宗以左庶子充当日讲官。孙承宗官升少詹事。同年，后金进攻辽东，沈阳、辽阳先后被攻陷，辽东经略袁应泰自杀。御史方震孺奏请熹宗朱由校以孙承宗代替崔景荣为兵部尚书，朝中大臣也认为孙承宗知晓兵事，推举孙承宗为兵部添设侍郎，主持辽东防务。
“此人颇有才华。”刘辩呢喃道。
天启二年，王在晋确定在八里铺筑城，并上报朝廷。此举遭到其部下宁前兵备佥事袁崇焕、孙元化等人的坚决反对。他们认为筑城“非策”，极力劝阻，并写信给首辅叶向高，申诉己意。由于情况不明，叶向高难以断定可否。孙承宗遂提出前往实地考察，再作决断。他抵达山海关后，当即认真巡视山海关及王在晋所主张建筑的八里铺新城，又前往考察了中前所、一片石和黄土岭等处的战略地势。在阅察八里铺新城时，孙承宗曾与王在晋展开过激烈的争论，明史载：“新城成，即移旧城四万人以守乎？”孙承宗问。王在晋答曰：“否，当更设兵。”孙承宗又问：“如此，则八里内守兵八万矣。一片石西北不当设兵乎？且筑关在八里内，新城背即旧城趾，旧城之品坑地雷为敌人设，抑为新兵设乎？新城可守，安用旧城？如不可守，则四万新兵倒戈旧城下，将开关延入乎，抑闭关以委敌乎？”答：“关外有三道关可入也。”问：“若此，则敌至而兵逃如故也，安用关？”答：“将建三寨于山，以待溃卒。”孙承宗责问：“兵未溃而筑寨以待之，是教之溃也。且溃兵可入，敌亦可尾之入。今不为恢复计，画关而守，将尽撤藩篱。日哄堂奥，畿东有宁宇乎？”严厉批评了王在晋画地为牢、坐以待毙的危险倾向。“在晋无以难”，但仍固执己见。而辑录奏章疏旨，成书于崇祯年间的=8中孙承宗自己的奏章对这件事情是这么写的：“臣时执偏见谓经臣议，诚然，独是八里为两城，而旧城之坑壕空营当在三里之外，而新城之守卒法当四万。则四万之退步跟将及之，而一不戒，将城下之备尽为我设，北山南水既无旁出，而贼方拥此四万于旧城之下，开关延之不可，闭关谢之不可。将城上之备，又为我设，而城中惊溃无问也。经臣曰：于山建山寨三，以为退守计，而三道关俱可入。盖法云，置之死地而生。经臣言边兵善走也，即杀不能止，况大势散，谁复为杀者。故为两城以固其心，而实置之死以励其必死之气，臣遂无以应。”一比对就会发现，明史只摘录了两人争论的前半部分，把王在晋的反击去掉了，于是辩论的结果就被完全逆转，从孙承宗“无以应”变成“在晋无以难”。
熊廷弼被罢免后，朝廷以王在晋为辽东经略。王在晋上任后打算袭取广宁，但总督王象乾认为就算能攻取广宁，但也不容易守住，还不如重守山海关防卫京都。于是王在晋在山海关外八里铺修筑重关，留四万人马去守。袁崇焕认为王在晋此举不是好的策略，与王在晋争辩无果后，上书给首辅叶向高。叶向高却认为不能凭主观猜测，于是孙承宗请求亲自前往辽东决断。朱由校非常高兴，加封孙承宗为太子太保，并赏赐蟒袍、玉带、银币等。
孙承宗到达山海关后，巡行边塞，袁崇焕向孙承宗请示道：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远，怎么能放弃十万难民？”孙承宗于是与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面去救难民，救援失败，十万难民只救回六千人。
孙承宗对此询问王在晋：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”王在晋说：“应该另外设立一支四万人的军队。这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”“如果这样的话，敌人兵临城下，士兵像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”孙承宗说：“准备在山上建三座营寨，防止士兵溃逃。”王在晋说：“士兵没有溃败就修筑营寨等待他们，你这是在教士兵逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，敌人也可以尾随他们进来。你现在不为恢复做打算，却在这闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷争斗，京都以东还有安宁之日吗？”三朝辽事实录的版本为“臣时执偏见谓经臣议，诚然，独是八里为两城，而旧城之坑壕空营当在三里之外，而新城之守卒法当四万。则四万之退步跟将及之，而一不戒，将城下之备尽为我设，北山南水既无旁出，而贼方拥此四万于旧城之下，开关延之不可，闭关谢之不可。将城上之备，又为我设，而城中惊溃无问也。经臣曰：于山建山寨三，以为退守计，而三道关俱可入。盖法云，置之死地而生。经臣言边兵善走也，即杀不能止，况大势散，谁复为杀者。故为两城以固其心，而实置之死以励其必死之气，臣遂无以应。”孙承宗无话可说，孙承宗于是召集诸将商议关外防守的问题。袁崇焕主张守宁远，阎鸣泰主张守觉华岛，王在晋主张守中前所。孙承宗采用袁崇焕的建议，并亲自镇守关门。而后明熹宗在孙承宗的建议下罢免了王在晋的辽东经略之职。
孙承宗于是自请为督师，还让蓟、辽等原来的将领监管各处，见机行事时不必受到其他人的限制。孙承宗用阎鸣泰为辽东巡抚，又用鹿善继、王则古为赞画，并请求从国库带走八十万钱。皇帝朱由校同意后，亲自将孙承宗送出宫门，并赐给孙承宗尚方宝剑、坐蟒等，内阁大臣将孙承宗直送到崇文门外。
孙承宗上任后，让江应诏制定军事编制，让袁崇焕建造营房，李秉诚训练火器装备，鹿善继、王则古处理军需物资，沈棨、杜应芳维修甲仗，孙元化修筑炮台，宋献、程仑购买军马，万有孚采伐树木，祖大寿辅助金冠守觉华岛，陈谏助赵率教守前屯，鲁之甲拯救难民，杨应乾招募辽人编制成军队。
孙承宗发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件的人冒领军饷，于是孙承宗阅兵后，将河南、真定等地不符合条件的士兵全部遣回。将鲁之甲所拯救出的难民征召七千人出来去驻守前屯，杨应乾招募的辽人军队去镇守宁远，请求朝鲜声援辽东，又犒赏东江镇的毛文龙，让他四面防卫。并传令给沈有容进据广鹿岛。而后江应诏被弹劾，孙承宗请求让马世龙代替，并让尤世禄、王世钦为南北帅，听马世龙调遣。朱由校听从孙承宗的建议并赐给马世龙尚方宝剑。
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